Curso Su nacimiento tiene lugar en el desagüe sur del lago Bertrand, el cual a su vez recibe las aguas del inmenso lago General Carrera, el segundo más grande de Sudamérica. Desde allí, el Baker emprende un recorrido serpenteante de aproximadamente 175 kilómetros hacia el sur, fluyendo a través de un valle profundo flanqueado por la cordillera de los Andes y los Campos de Hielo Norte, hasta desembocar finalmente en el océano Pacífico, cerca de la pintoresca localidad de Caleta Tortel, formando un complejo delta estuarino.